Kemal Gürüz, 12 Eylül döneminin bir ürünü olarak kurulan ve kurulduğu günden bugüne tartışılan Yüksek Öğretim Kurulu’nun başına, 1995 yılında Cumhurbaşkanı Süleyman Demirel tarafından atandı. 28 Şubat sürecinde, üniversitelerin ideolojik bir blok haline gelmesinde büyük pay sahibi olan Kemal Gürüz, yaklaşık 8 yıl kaldığı görevinde, gerçekleştirdiği uygulamalarla kamuoyunun büyük bir kesimi tarafından eleştirildi. Üniversitelere, başörtüsünün yasaklanması için genelgeler gönderen Gürüz, İmam Hatip mezunlarının üniversitelere girememesine sebep olan “katsayı uygulamasının” da mimarıdır. Kemal Gürüz yönetimindeki YÖK, sadece öğrencilere yönelik yaptırımlarla sınırlı kalmadı, öğretim elemanları da eşi görülmemiş uyulmalara maruz kaldı. İrticai faaliyetleri olduğu veya başörtülü öğrencilere müsamaha gösterdiği “fişlemelerle belirlenen” 35 öğretim üyesi, meslekten ihraç edildi, 100 kişiye aylıktan kesme, 150’sine kınama, 240’ına uyarma, 15’ine kademe ilerleme cezası verildi. Öğretim üyesi kıyımının yaşandığı süreçte, Türkiye’de ilk kez bir üniversite rektörü görevinden alındı. Harran Üniversitesi Ziraat Fakültesi çiftliğinde, bir buzağının ölümü sebebiyle, devlet malına zarar vermekle itham edilen Rektör Servet Armağan, Kemal Gürüz emriyle görevinden ihraç edildi. Başta Marmara Üniversitesi Rektörü Ömer Faruk Batırel olmak üzere, Çanakkale 18 Mart, Pamukkale, Afyon Kocatepe üniversitelerinin rektörleri psikolojik baskı ve tehditlerle istifa ettirildi. Diğer yandan Malezya, Endonezya, Suudi Arabistan, Ürdün, Pakistan, Libya, Irak, Kuveyt ve Mısır gibi İslam ülkelerinin üniversitelerinde okuyan öğrencilerin diploma denkliği, YÖK emriyle iptal edildi. 2008 yılında yürütülen ve başörtüsüne serbestlik getiren yasa çalışmaları sırasında, “üniversitelerde başörtüsünü serbest bırakmaya, ne Cumhurbaşkanı’nın ne de YÖK Başkanı’nın gücünün yetmeyeceğini açıklayan Gürüz, 7 Ocak 2009 tarihinde Ergenekon soruşturması kapsamında gözaltına alındı. Sonuçlanan davadan 13 yıl 11 ay hapis cezasına çarptırıldı.
