28 Şubat sürecinin “yasakçı” rektörü Kemal Alemdaroğlu, 1997 yılının Aralık ayında, dönemin Cumhurbaşkanı Süleyman Demirel tarafından İstanbul Üniversitesi rektörlüğüne atandı. Ancak Alemdaroğlu ismi, 1996 yılının son günlerinde patlak veren bir skandalla duyuldu. 30 Kasım 1996 tarihinde, uzmanlık sınavını kazanarak İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi’nde göreve başlayan Dr. Şükran Erdem’in, başörtülü olduğu gerekçesiyle ana bilim dalı başkanı Kemal Alemdaroğlu tarafından, mesai saatleri içinde görev alanı dışındaki müzede tecrit edildiği ortaya çıktı. Bu olay, Alemdaroğlu’nun üniversite rektörlüğüne gelmesiyle oluşan yasakçı tutumun da bir habercisi oldu. 1998 yılında İstanbul Üniversitesi, başörtüsü yasağının ve başörtülüleri tecrit politikasının kalesi haline geldi. 23 Şubat 1998 tarihinde bir genelge yayımlayan Alemdaroğlu, üniversitede kız öğrencilerin başörtülü, erkek öğrencilerin sakallı olarak derslere ve sınavlara alınmalarını yasakladı. İşi daha da ileri götüren Alemdaroğlu yönetimi, yasak kapsamına öğretim elemanlarını da dâhil etti. Öğretim elemanları için hazırlanan genelgeyle, öğretim üyesi ve personelin bıyık boylarından, favorilerin uzunluğuna kadar birçok konuya kadar yasaklama getirildi. Üniversite kapılarında ve meydanlarda gerçekleştirilen yoğun katılımlı protestolar ise hiç dikkate alınmadı. Öyle ki, sınavlara başörtülü giren öğrenciler çevik kuvvet polisleri tarafından yaka paça dışarı çıkarıldı. Birçok öğrenci mezuniyetlerine az bir zaman kala okuldan atıldı. Yasaklarla dolu geçen yıllar neticesinde, 2003 yılında Rektör Kemal Alemdaroğlu, Türk Tabipleri Birliği Onur Kurulu tarafından “intihal suçu” işlediği iddiasıyla iki ay meslekten uzaklaştırma cezasına çarptırıldı. Ergenekon soruşturması kapsamında 21 Mart 2008 tarihinde gözaltına alınıp iki gün sonra serbest bırakılan Alemdaroğlu, dava kapsamında yaptığı savunmada, İstanbul Üniversitesi’nin başörtülü öğrenciler nedeniyle İran’a döndüğünü belirterek, “türbana darbe yaptığını” açıkladı. 28 Şubat sürecinde, dönemin Genelkurmay Başkanı’nın kendisini üç kez telefonla arayıp destek verdiğini itiraf eden Alemdaroğlu, Ergenekon davasından 15 yıl 8 ay hapis cezasına çarptırıldı.
